Mutesa meninggal akibat keracunan alkohol di kediaman beralamat No. 28 Orchard House, Rotherhithe, London pada tahun 1969.[3] Polis Britain melihat insiden tersebut sebagai suatu kasus pembunuhan diri, namun ada yang menyatakan Mutesa dipaksa minum vodka oleh ejen dalam rejim Obote, teori kedua ini lagi dikukuhkan berikutan bukti beliau dalam keadaan sihat sebelum kematiannya menurut John Simpson, wartawan BBC yang menemubualnya. Mayatbeliau dikembalikan ke Uganda tahun 1971 setelah pemerintahan Obote digulingkan serta dimakamkan di Makam Kasubi Nabulagala, Kampala.[4]